银杏有1.5亿年的历史。这期间经历过无数气候变动和障碍，所以，银杏对病虫害的抗性很强。但是，银杏幼树期的抗性并不突出。特别是在多雪地区的幼树，不但有病虫害还有兽害。幼树期的病害主要是从苗圃带过来的。在购买苗木时要从信誉好的苗木生产者手中购买，事前还应亲自到苗圃去确认苗木是否得病。因为银杏栽培地域较广，可能会带来想不到的病虫害。例如，银杏树，离山林近的地方，可能会发生森林虫害。森林虫害会突然大发生，应引起注意。
银杏有抵御病菌侵袭的能力
有学者做过试验：把几种病原菌的芽孢涂在银杏树的叶片上，当芽孢在叶面萌发，承接绿化工程，吐出菌丝，形成菌丝体，压迫叶面蜡质层时，设法使菌丝体穿过角质层，伸入细胞内部，促使叶片生病。结果发现，银杏的叶片并没有病态，而被压迫叶子的细胞壁反而变厚。经研究发现，银杏的细胞组织内含有，乙烯醛和多种有机酸，如银杏黄素和白果黄素等多种双黄酮素，它们往往与糖结合以游离的方式存在，具有抑菌杀虫的威力，即使一些真菌侵袭到银杏的体内，也不能使银杏致病。
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