李时珍阅读了大量古医籍，又经过临床实践发现古代的本草书籍，“品数既烦，名称多杂。或一物析为二三，或二物混为一品”（《明外史本传》）。特别是许多毒性药品，石雕李时珍，竟被认为可以“久服延年”，因而遗祸无穷。
于是，他决心要重新编纂一部本草书籍。三十一岁那年，他就开始酝酿，为了“穷搜博采”，读了大量参考书。家藏的书读完了，就利用行医的机会，向本乡豪门大户借。后来，进了武昌楚王府和北京太医院，读的书就更多，简直成了“书迷”。他自述“长耽嗜典籍，若啖蔗饴”（《本草纲目》原序）。顾景星在《李时珍传》里，也赞他“读书十年，不出户庭，博学无所弗瞡”。确实如此，他不但读了八百余种上万卷医书，而且看过不少历史、地理和文学名著，敦煌的经史巨作，他遍读了；几个古代伟大诗人的全集也都仔细钻研过。
他还摘录了大量有关医药学的诗句。这些诗句给了他许多真实有用的医药学知识，帮助他纠正了前人在医药学上的许多谬误。如古代医书中，汉白玉石雕李时珍，常常出现“鹜与凫”。它们指的是什么？是否有区别？历代药物学家众说纷纭，争论不休。李时珍摘引屈原《离骚》中的“将与鸡鹜争食乎”，“将泛乎若水中之凫乎”两句，指出诗人把“鹜”与“凫”对举并称，石雕李时珍的生产，就是它们不是同一种禽鸟的明证。他又根据诗中对它们不同生活环境的描绘，证明“鹜”是家鸭，“凫”是野鸭，药性不同。屈原的诗赋，竟成了李时珍考证药物名实的雄辩依据。
李时珍继承家学，着重研究药性、药理。他重视临床实践，主张革新。在群众的协助下，经常上山采药，深入民间，向农民、渔民、樵夫、药农、铃医虚心请教，有着不耻下问的精神。
他的足迹踏遍了江西、江苏、安徽、湖南、广东，他从渔夫那里，他得到鱼类等水生动物的知识；从猎人那里，他学到了鸟类和野兽类的知识；从樵夫那里，他学到了榆树、柏树等植物的知识；从农民那里，学会了分辨五谷的知识。
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