茎腐病是目前最受关注的一类银杏病害。感病初期，茎基部接近地表处表皮层组织及地下根部组织变褐色，银杏树，产生水渍状病斑，地上叶片失绿、低垂，随之病部蔓延包围茎基，向苗木上部扩展，最终导致全株枯死，此时叶片桔黄下垂但不脱落。苗木茎皮层肥肿皱缩，剥开受害皮层，可见皮层下已腐烂呈海绵状或粉末状，灰白色，其问充满许多黑色细小的菌核。病害向根部扩展，使根系韧皮部褐色腐朽，皮层全部腐烂，其上生灰白色菌丝体，用力拔苗，可见根系皮层脱落。
银杏，叶互生，在长枝上辐射状散生，在短枝上3~5枚成簇生状，有细长的叶柄，扇形，两面淡绿色，无毛，有多数叉状并列细脉，在宽阔的顶缘多少具缺刻或2裂，庭院绿化，宽5-8（-15）厘米，银杏树种植，具多数叉状并歹帕细脉。在长枝上散生，在短枝上簇生。它的叶脉形式为“二歧状分叉叶脉”。在长枝上常2裂，基部宽楔形，柄长3-10（多为5~8）厘米，幼树及萌生枝上的叶常较而深裂（叶片长达13厘米，宽15厘米），6cm银杏树，有时裂片再分裂（这与较原始的化石种类之叶相似），叶在一年生长枝上螺旋状散生，在短枝上3-8叶呈簇生状，秋季落叶前变为黄色。
