明世宗嘉靖三十年（1551年），李时珍38岁时，因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而医名大显，被武昌的楚王朱英裣聘为王府的“奉祠正”，石雕李时珍，兼管良医所事务。明嘉靖三十五年（1556年）李时珍又被推荐到太医院工作。授“太医院判”职务。三年后，又被推荐上京任太医院判。任职一年，便辞职回乡。
关于李时珍这一段在太医院工作的经历，史学界有诸多争论，有人认为李时珍曾出任太医院院判（正六品），但也有人认为他只是担当御医（正八品）。无论其职位高低，李时珍被荐于朝是不可否认的事实。太医院的工作经历，有可能给他的一生带来了重大影响，为编写《本草纲目》打下基础。这期间，李时珍积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别各地的药材，搜集了大量的资料，同时还有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，包括《本草品汇精要》。
与此同时从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，开阔了眼界，丰富知识。
李时珍阅读了大量古医籍，石雕李时珍的意义，又经过临床实践发现古代的本草书籍，“品数既烦，名称多杂。或一物析为二三，或二物混为一品”（《明外史本传》）。特别是许多毒性药品，竟被认为可以“久服延年”，因而遗祸无穷。
于是，他决心要重新编纂一部本草书籍。三十一岁那年，他就开始酝酿，为了“穷搜博采”，读了大量参考书。家藏的书读完了，就利用行医的机会，向本乡豪门大户借。后来，进了武昌楚王府和北京太医院，读的书就更多，简直成了“书迷”。他自述“长耽嗜典籍，若啖蔗饴”（《本草纲目》原序）。顾景星在《李时珍传》里，也赞他“读书十年，不出户庭，博学无所弗瞡”。确实如此，他不但读了八百余种上万卷医书，而且看过不少历史、地理和文学名著，敦煌的经史巨作，他遍读了；几个古代伟大诗人的全集也都仔细钻研过。
他还摘录了大量有关医药学的诗句。这些诗句给了他许多真实有用的医药学知识，石雕李时珍胸像，帮助他纠正了前人在医药学上的许多谬误。如古代医书中，常常出现“鹜与凫”。它们指的是什么？是否有区别？历代药物学家众说纷纭，汉白玉石雕李时珍，争论不休。李时珍摘引屈原《离骚》中的“将与鸡鹜争食乎”，“将泛乎若水中之凫乎”两句，指出诗人把“鹜”与“凫”对举并称，就是它们不是同一种禽鸟的明证。他又根据诗中对它们不同生活环境的描绘，证明“鹜”是家鸭，“凫”是野鸭，药性不同。屈原的诗赋，竟成了李时珍考证药物名实的雄辩依据。
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