球花雌雄异株，银杏树，单性，绿化银杏树，生于短枝顶端的鳞片状叶的腋内，呈簇生状。雄球花葇荑花序状，下垂，雄蕊排列疏松，具短梗，花药常2个，长椭圆形，药室纵裂，药隔不发；雌球花具长梗，梗端常分两叉，银杏树种，稀3-5叉或不分叉，每叉顶生一盘状珠座，胚珠着生其上，通常仅一个叉端的胚珠发育成种子，6公分银杏树，内媒传粉。它的雄花花粉萌发时仅产生两个有纤毛会游动的精子。
银杏有假活、假死现象。有些银杏即使根系死了，叶子还能展开，甚至第二、第三年还能发芽，但叶子很小。待树体内养分耗尽，它才不发叶了，这是银杏的假活现象。有些银杏栽植后，第—年不发芽，甚至第二年还不发芽，但树皮依然鲜绿，到了第三年才开始发芽展叶，这是银杏的假死现象。所以有人说：“种植银杏树，三年活不算活，三年死不算死。
